白字秀才:肘子方是民及其信誉死走狗对施一公等人的恶毒攻击和污蔑
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美国Science杂志在今年3月17号收到清华大学的施一公教授及其他共同作者提交的一篇研究 大肠杆菌E.Coli O157的AdiC蛋白质的晶体结构及其转运arginine 和agmatine 机理的文章（以下简称S文），晶体结构的分辨率为3.6埃。Science杂志在4月30号同意发表该文章，并于5月28号在杂志的网站上正式公开发表。
于是清华大学对外宣传这一成果，尽管肘子方是民及其信誉死走狗心里会气得牙痒痒的，亦奈何不得。
天下本太平无事。
那知今年5月12号，英国Nature杂志收到美国Brandeis大学的Miller教授及其他共同作者提交的一篇研究沙门氏菌Salmonella enterica 的AdiC蛋白质的晶体结构的文章（以下简称M文），晶体结构的分辨率为3.2埃。Nature杂志在6月15号同意发表该文章，并于7月5号在杂志的网站上正式公开发表。
很明显，Miller及其同事在M文被审稿期间，看到了S文。根据常理，Miller及其同事当然有点遗憾或很沮丧。根据后来的信息推测，Miller或其同事给施一公写过信，指出S文和M文晶体结构结果的不同并认为是S文的结构分析有错误，施一公可能没有理睬他们。
于是Miller在M文的结尾添加如下内容：
Note added in proof: During the review of this paper, a 3.6-A° resolution structure of AdiC was reported29; the structure differs from the one described here in a register shift of 3–4 amino acid residues in transmembrane helices 6, 7 and 8. （特此证明：在本文审稿期间，一个3.6埃分辨率的AdiC（晶体）结构发表了；该结构和本文描述的结构不同，在跨膜的第6，7和8螺旋（二级结构）的氨基酸残基的标记上，存在3-4个氨基酸残基的位移。）
当然，Miller他们没敢公开说S文的晶体结构是错误的，只是说S文的结构和M文的结构有不同的地方，在跨膜的第6，7和8螺旋的氨基酸标记上，存在3到4个氨基酸残基的位移。
因为M文里有几个华人或中国人作者，他们可能是信誉死走狗，就告诉肘子方是民，说施一公的Science文章是错误的。
有了M文及其作者的背书，肘子方是民及其信誉死走狗兴奋异常。
7月7号，方舟子立刻炮制出一篇到处张贴的网络檄文：《施一公的清华团队在Science发表了错误论文怎么办？》。在这篇文章中，方肘子首先认定S文和M文的结构“截然不同”，并认定S文关于AdiC活性位点的氨基酸的认定，全部错误，也就是说S文认为是活性位点的氨基酸其实根本不是活性位点。
方肘子说
引用:“施一公小组认为是这个膜蛋白底物的可能结合位点的氨基酸残基全都在其他地方，有着根本性的错误。
这里的关键词是“结合位点的氨基酸残基全部在其他地方”“根本性的错误”
这还了得？！
于是，在以后不同场合的总结性发言和指导性谈话中，方肘子用了至少3次“垃圾”这个词来给S文定性：清华大学的施一公教授在Science上发表了一篇“全部错误”的“垃圾文章”!
想想，这也容易理解的：Miller是大牛，一直研究蛋白质晶体结构，而且他们的文章在后发表，看过S文，当然就更谨慎，而且M文的分辨率精度要高过S文，那么M文的结果肯定比S文可靠，M文已经说S文的结构存在3到4个氨基酸的位移。既然是氨基酸标记已经位移了3到4个，原来是活性位点的地方被移到3到4个氨基酸之外去了，那么S文的晶体结构就毫无价值，如同垃圾了。
肘子认为，蛋白质的氨基酸顺序决定蛋白质结构，同一个蛋白质，只能存在一个结构。
如果S文和M文的结果有不同，错误的只能是S文。S文是错的垃圾文章，所以施一公不是造假就是水平太低，施一公来中国或清华是为了骗钱骗名誉，也进一步证明方肘子曾经指责施一公造假骗取国家杰青课题的正确性。
上面的逻辑说得通吗？对信誉死这些 白痴来说，上面的逻辑就是典型的，万能的“方肘子逻辑”，当然说得通。
那么有不通的地方吗？当然有，而且是大大的有。
首先，S文研究的是大肠杆菌的AdiC蛋白质，而M文研究的是沙门氏杆菌的AdiC蛋白质。二者并非“同一个蛋白质”。这两个蛋白质都有445个氨基酸残基，但是有23个氨基酸残基是不同的，相似度只有94.8%,而非100%。那么S文里面晶体结构和W文里面晶体结构的差异是完全可以理解的，除非有更进一步的实验来证明他们不应该存在如此结构的差异。目前，至少目前还没有。连M文自己都强调了沙门氏杆菌的AdiC和大肠杆菌的AdiC的氨基酸顺序的相似度是95%。
其次，M文只是在文章最后强调S文的晶体结构在标注跨膜的第6,7和8螺旋时，存在3到4个氨基酸残基的位移，并没有说S文的晶体结构是错误的，更没有，也不会说S文关于AdiC的底物结合位点或活性位点因此全部错误。
所谓“标注跨膜的第6,7和8螺旋时，存在3到4个氨基酸残基的位移”，就是说，S文里面认为在AdiC的445个氨基酸中，
第6跨膜螺旋二级结构，S文是从第194到第220氨基酸残基，而M文认为应该是从第190到第217氨基酸残基；
第7跨膜螺旋二级结构，S文是从第227到第247氨基酸残基，而M文认为应该是从第223到第243氨基酸残基；
第8跨膜螺旋二级结构，S文是从第277到第311氨基酸残基，而M文认为应该是从第278到第307氨基酸残基。
其实，在AdiC的总共12个跨膜二级螺旋结构中，关于跨膜二级螺旋结构的氨基酸位置标注，S文和M文的差别不止这些，其他二级螺旋结构的氨基酸位置标注也存在多多少少的差异，比如第1，2，3等螺旋结构，S文和M文的位置标记并非完全一致，但差别不是很大，大体一致，看官可以根据上图，自己对照。
考虑到二者研究的蛋白质存在5%的氨基酸顺序的差别，晶体产生的条件不同（M文的晶体是AdiC蛋白质和其抗体的结合物）以及晶体解析时的精度较低（3.2埃和3.6埃都属于低精度），那么上述的差异安全可以理解的。
更关键的上述跨膜二级螺旋结构氨基酸位置标注的差异并没有也不会导致对蛋白质活性位点或底物结合位点的研究和定位。S文通过生化实验的结果结合晶体结构分析，认为第1螺旋上的S26, 第3螺旋上的Y93,第8螺旋上的E208，第10螺旋上的Y365是AdiC的活性位点或底物结合位点，同时认为其他一些氨基酸残基位点对形成底物结合位点非常重要，包括第8螺旋上的W293。M文认为第3螺旋上的Y93,第6螺旋上的W202和第8螺旋上的W293非常重要，是活性或底物结合位点。
至少在Y93和W293这两个氨基酸位点上，两篇文章是完全一致的。至于其他不同的部分，可能是因为两个蛋白质本身的不同所导致，也可能是因为他们检测的方法不同导致，更可能是因为类似盲人摸象，S文发现了一些活性位点，而M文又发现了一些其他的活性位点，因为AdiC的活性通道并非只有一个氨基酸位点，而是包括许多不同的位点组成的一个空间结构，S文和M文各发现了一部分而已。因为S文和M文所发现并不存在相互“排斥”和“矛盾”，非此即彼，而是可以“互补”。
毕竟，活性位点或结合位点是通过生化实验等功能检验结合晶体结构来发现的，而非单纯通过“晶体结构”的解析来发现。通过生化实验，发现某个氨基酸残基非常重要，在通过晶体结构，发现这个氨基酸刚好处于立体结构的适当位置，于是就能确定该氨基酸残基的重要性了。跨膜二级螺旋结构边界位置标注的一些差异，不会太影响对活性位点的发现，更不会导致“完全错误”。
这就如同两个不同的人，采用不同的低精度来描绘中国地图，虽然在标记各个省的边界位置的时候，会出现多多少少的差异，但是基本都能确定各个省的省会或首府以及各个大城市的所在位置，决不会把南京标记到安徽省内，也不会把蚌埠和徐州混起来，尽管在界定和标记安徽和江苏边界位置时，会出现一些地理位置的位移，比如江苏的边界向西位移了1公里，或安徽的边界向东位移了2公里。
也许，方肘子把M文提到的二级螺旋结构标记时的3到4个氨基酸的位移当成DNA里面核苷酸顺序的位移会导致完全不同的基因和蛋白质一样。
方肘子及其走狗所谓的：
引用:“施一公错在最关键的与底物结合有关的几十个氨基酸残基，整个位移了３－４位。这样一来，他认为是重要的面向底物的氨基酸残基，实际上在对的结构中根本就是与底物结合无关”
“ 至于结构方面，Chris Miller的结构是完全正确的，导致所有氨基酸残基都在正确的位点。基本上，施一公的结构有40％是错误的。为什么我这么说呢？因为施一公小组正确地排列了从1到大约160的残基，但是在那之后，在侧链排布方面就搞错了，因为施一公不佳的密度图不允许做精确的排布。更糟糕的是，施一公小组在建模时，把整个结构位移了大约10埃，就像在桌上稍微移了一下茶杯。这就是为什么Chris Miller提到施的结构中有3-4个残基的位移”
完全是胡说八道和毫无根据的狂吠。S文的结构有40％是错误的？S文只正确地排列了1倒160的残基?
事实上，S文在解析AdiC结构方面，明显比M文提供更多的信息。M文对中心通道几乎没有多少描述，而S文不但具体描述了中心通道的结构，并且具体说明第1，3，6，8，10五个螺旋结构组成运输通道的内层，其他7个螺旋结构包围他们组成外层。这些描述，在M文中根本没有。
如果客观地给两篇文章打分的话，不考虑发表的先后，S文应该得85分，M文得70分。
至此，看官，你认为“施一公小组认为是这个膜蛋白底物的可能结合位点的氨基酸残基全都在其他地方”？并“有着根本性的错误”了吗？
我们完全可以看出心胸狭隘，卑鄙龌龊的肘子方是民是如何给它母校密切更州立大学丢丑的了。
当白痴发疯的时候，这个世界就好玩了。